據調研顯示，川南緊鄰長江某縣共有15個鎮（街道），有5個鎮（街道）毗鄰縣城，污水就近納入城區污水處理，其余10個鎮分別建了污水處理站。其中：有4個通過驗收合格，但僅有1個可以試運行，其余3個因種種原因不能正常運行；另外6個只完成主體工程和設備安裝，因管網建設滯后或無財力建設管網，污水無法接入污水處理站，形同擺設。
歸結起來，鄉鎮污水處理站建設及運行主要存在以下五個方面的問題：
一是負債投入，鄉鎮積極性不高。以上述縣為例，該縣10個鎮的污水處理站最少的投入資金（含管網）120萬元，最多的投入資金510萬元，負債率100%，少的負債80余萬元，多的負債300多萬元。而縣級財政對鄉鎮污水處理站建設一般按照審計投入資金的25%進行補助，中央、省、市沒有明確的資金補助標準，即使有補貼但資金量較小。因此，鄉鎮對污水處理站建設積極性不高，存在敷衍了事的現象。
二是污水處理站選址及管網建設不規范，影響污水收集。有的鎮考慮到因修建污水提升站成本較高，且后期運行費用支出較大，為節約后期運行成本，將污水處理站建設在地勢低洼地段，污水以自流方式進入污水處理站，但夏季暴雨季節，經常出現污水處理站整體被淹情況；有的鎮考慮到后期污水處理運行成本，有意減少污水管網建設，應該接入污水管網的而不接入，導致污水收集率低，還達不到集鎮污水的50%；絕大多數鎮雨污管網未作分離，雨水季節影響污水收集。
三是污水處理運行成本高，鄉鎮無力承擔。鄉鎮污水處理成本每立方米約在1元左右，一個鎮一年的污水處理費大約在15－20萬左右（不含管理人員工資）。雖然，國家對污水處理收費有相關政策規定，“2016年底前，縣城、重點建制鎮原則上每噸應調整至居民不低于0.85元，非居民不低于1.2元”（發改價格〔2015〕119號）。但目前這一政策規定在鄉鎮實施起來難度相當大，污水處理費用還得由地方財政全額承擔，導致有的鎮污水收集不全面、污水處理時間縮短等“偷工減料”現象發生。
四是污水處理站無用地指標，留有諸多隱患。多數鄉鎮無用地指標，污水處理站建設用地多采取“買斷”、長期租賃或以租代征等形式獲取，直接影響污水處理站驗收（驗收時要征地手續），同時，埋下與周邊村民扯皮的隱患。
五是無專業人員管理，不能保證運行效果。鄉鎮污水處理站均未配備專業的管理人員，由鎮干部或社區干部兼職管理，日常管理僅停留在設備的“開”和“關”上，運行質量和處理效果難以保證。
介于鄉鎮對污水處理站建設積極性不高、污水處理站建設及運行不規范、污水收集面窄、污水處理成本高等因素影響，鄉鎮污水處理站未發揮作用，污水直排現象十分突出，嚴重影響長江流域水資源。
為此，建議：
一、國家加大對長江流域集鎮污水處理站建設、運行經費的投入，特別加大對長江中上游經濟欠發達地區集鎮污水處理站建設及運行經費的補貼，將污水處理站建設及運行費用納入中央財政專項轉移支付，減輕鄉鎮污水處理經費的壓力，提高鄉鎮對污水處理站建設、運行管理的積極性。
二、加大政策扶持，優先解決用地指標。國土部門對鄉鎮污水處理站建設用地應給予專門的用地指標，解決污水處理站用地瓶頸。
三、將環保機構延伸到鄉鎮，在鄉鎮掛牌設立管理機構，增設人員編制，以增強環保管理能力，規范管理污水處理站。并對鄉鎮污水處理提供技術保障，確保長江流域集鎮污水達標排放。
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